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【保健医療分野基礎的研究開発、研究振興に係る出融資業務】
○競争的資金供給業務については、総合科学技術会議においてなされる各省要求の全体調整、実施状況の評価・公表を踏まえて実施し、不必要な重複や特定の研究者への研究費の集中がなくなるような運用改善を行う。
○競争的資金供給業務については、研究経験者が審査及び評価について責任をもって取り組む体制を構築する。
○国が研究機関に対してできる限り具体的な達成目標を設定し、研究機関の責務を明確にする。
○研究課題の設定、実施体制の決定、研究期間終了後の研究成果（長期 にわたるものについては中間時点の進捗状況）について、厳格な第三者評価を求め、評価結果を研究資源配分等に反映させる。また、研究成果及び第三者評価の内容を、できるだけ計量的な手法も用いて、国民に分かりやすい形で情報提供する。
○研究開発に充てる資金供給を一般会計からの出資金により行うことについて基本的に廃止するとともに、費用対効果分析を可能な限り実施し、資源の重点配分を行った上で、柔軟・弾力的な研究開発の実施に配慮しつつ、補助金等に置き換える。
○これまで国費によって達成されてきた研究成果をできるだけ計量的な手法で国民に分かりやすく示す。
○研究成果等から生じる収益の還元の現状(当該法人からの出資等収益の還元が予定されているものについては、収支の現状）を公表するとともに、収益改善策を検討する。
○産投特会からの出資を受けて実施する当法人からの出資による研究開発業務は、収益改善策を検討し、事業からの収益の可能性がある場合等に限り実施する。
【医薬品調査】
○ＩＴ技術の活用等により、業務の抜本的効率化を図る。
○国立医薬品食品衛生研究所医薬品医療機器審査センター等が行う医薬品や医療用具に関する審査関係業務と統合する。
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