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【鉄道施設整備を行う鉄道事業者等に対する補助金等】
○鉄道事業者等に対する補助金については、当該法人を経由した方が合理的・効率的であることが明らかな場合を除き、最終交付先へ国から直接交付する。
○鉄道施設整備を行う鉄道事業者等に対する補助金等について、国が明確な政策目標を定め、合わせて当該目標が達成された場合又は一定期間経過後には助成措置を終了することを明記する。
○補助金等による助成の対象となった事業について適切に評価を行い、その結果を事業に反映させる仕組みを検討する。
○補助金等による助成について、第三者機関による審査・評価の実施、助成先の公表を行う。
○鉄道整備費無利子貸付等事業は、原則として新規採択を行わない。例外的に新規採択をせざるを得ない場合であっても、必要最小限とし、かつ、集中改革期間中に限定する。
【船舶共有建造、改造融資等】
○船舶共有建造業務については、事業の対象を真に政策的必要性のあるものに重点化し事業規模を大幅に縮小するとともに、平成２８年度までのできる限り早い時期に、未収金の処理を終了するものとする。また、未収金の処理が終了した時点において、事業の廃止を含め改めて事業のあり方を見直す。
○改造融資業務及び債務保証業務については、技術的支援に係る事務を除く部分について、廃止する。
【運輸分野基礎的研究業務】
○競争的資金供給業務については、総合科学技術会議においてなされる各省要求の全体調整、実施状況の評価、公表を踏まえて実施し、不必要な重複や特定の研究者への研究費の集中がなくなるような運営の改善を行う。
○競争的資金供給業務について、研究経験者が審査及び評価について責任をもって取り組む体制を構築する。
○国が研究機関に対してできる限り具体的な目標を設定し、研究機関の責務を明確にする。
○研究課題の設定、実施体制の決定、研究期間終了後の研究成果（長期にわたるものについては中間時点の進捗状況）について、厳格な第三者評価を求め、評価結果を研究資源配分等に反映させる。また、研究成果及び第三者評価の内容を、できるだけ計量的な手法も用いて、国民にわかりやすい形で情報提供する。
○研究開発に充てる資金供給を一般会計からの出資金により行うことについて基本的に廃止するとともに、費用対効果分析を可能な限り実施し、資源の重点配分を行った上で、柔軟・弾力的な研究開発の実施に配慮しつつ、補助金等に置き換える。
○これまで国費によって達成されてきた研究成果をできるだけ計量的な手法で国民にわかりやすく示す。
【高度船舶技術にかかる研究開発・実用化支援事業】
○研究開発促進助成事業に係る助成金については、当該法人を経由した方が合理的・効率的であることが明らかな場合を除き、最終交付先へ国から直接交付する。
○研究開発促進助成事業に係る助成金について、国が明確な政策目標を定め、合わせて当該目標が達成された場合又は一定期間経過後には助成措置を終了することを明記する。
○助成の対象となった事業について適切に評価を行い、その結果を事業に反映させる仕組みを検討する。
○助成について、第三者機関による審査・評価の実施、助成先の公表を行う。
○高度船舶技術開発支援業務における納付金について、客観的な算定基準を設ける。
【造船業構造転換業務に係る清算業務】
○清算業務は平成２２年度末までの間実施するとされていることを踏まえ、土地・設備の売却の促進など事業の更なる効率化・適正化を図る。
【内航海運活性化融資事業】
○融資事業は収支相償うまでの間実施するとされていること及び総合規制改革会議において内航海運暫定措置事業の運営方法の改善について指摘されていることを踏まえ、平成１４年度から貸付債権の適切な管理など事業の更なる効率化・適正化を図る。
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